آنالیز est ژنهای مرتبط با ppar pathway جهت تعیین آللهای کاهش دهندهی تولید چربی در بافت آدیپوز گوسفند

پژوهش حاضر جهت تعیین آلل های کاهش دهنده ی تولید چربی در ژن های مرتبط با چرخه ی ppar با استفاده از آنالیز est این ژن ها در بافت آدیپوز گوسفند صورت گرفت. برای این منظور پس از شناسایی چرخه ی ppar گاو، با استفاده از منبع اینترنتی kegg، مشخصات مهم ژن های در گیر در آن که شامل 72 ژن بود، از ncbi استخراج شد، همچنین ژن های متناظر در گوسفند که 71 مورد بودند، نیز شناسایی، و با ژن های گاو مورد مقایسه قرار گرفتند و مشخص شد که 70 درصد ژن های این چرخه در موجودات مذکور مشترک است و علاوه بر این در تحقیق حاضر ژن های با بیان بالا در بافت آدیپوز گاو با استفاده از نمایشگر افتراقی ddd شناسایی شده و مشخصات مهم این ژن ها نیز از ncbi به دست آمد. از طرفی کل داده-های est بیش از 20 بافت گوسفند و گاو از پایگاه های داده ای موجود در ncbi جمع آوری شد. سپس تمامی توالی های est به دست آمده برای گاو با کل ژن های مورد بررسی با استفاده از ابزار بیوانفورماتیکی blast مورد مقایسه قرار گرفته و کل est، همچنین est های موجود در بافت آدیپوز برای تک تک ژن های مورد بررسی دسته بندی و در نهایت توالی های est موجود در بافت آدیپوز هر ژن توسط نرم افزار matlab هم تراز شده و est های دارای چند شکلی شناسایی شدند. با مکان یابی est های دارای چند شکلی مربوط به هر ژن در روی dna ی آن، 367 موقعیت اگزونی و اینترونی دارای چند شکلی برای تمامی ژن ها (به جز چند ژن که چند شکلی نشان ندادند) با استفاده از blast و پایگاه داده ای ensemble تعیین شد، همچنین با استفاده از منبع kegg و پایگاه داده ای david چرخه های بیوشیمیایی مرتبط با ژن های مورد بررسی و ارتباط این ژن ها با یکدیگر مشخص شده و بر اساس اطلاعات به دست آمده، برای ژن های مورد بررسی شبکه ی ژنی طراحی، و ژن های موجود در شبکه به لحاظ اهمیت در شبکه و در نتیجه بافت آدیپوز گاو دسته بندی شدند. بدین ترتیب ژن های و ژن هایcd36, slc27a2 وfabp، به عنوان ژن های بسیار موثرو قطب و ژن های acsl6, scp2, lpl, adipoq sorbs1 fads2, acsl1, scd, و ucp, به عنوان ژن های پر اثر موجود در شبکه معرفی شدند، همچنین 24 ژن به عنوان ژن های مهم مرتبط با چرخه های سنتز و متابولیسم چربی که در بافت آدیپوز گوسفند و گاو بیان بالایی دارند گزارش شدند. سپس موقعیت هایی از این ژن ها که دارای est های کمتر بودند شناسایی و تحت عنوان آلل های کاهش دهنده ی تولید چربی در بافت آدیپوز گاو معرفی شدند، در نتیجه با توجه به شباهت بالای ژنوم موجودات گوسفند و گاو، توالی های مذکور با استفاده از blast با توالی dna ی ژن های متناطر در گوسفند مقایسه و به عنوان آلل های کاهش دهنده ی تولید چربی در بافت آدیپوز گوسفند معرفی شدند.